La Facultad participa en diferentes programas de estudio de posgrado, de los cuales administra uno por sí misma: el Programa Único de Especializaciones en Psicología (PUEP).

Es una entidad integrante destacada del Programa de Maestría y Doctorado en Psicología de la UNAM; siendo ambos programas académicos reconocidos por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología en el padrón de calidad como “Consolidado” y de “Competencia Internacional”, respectivamente. En ambos programas participa de forma mayoritaria y destacada.

También participa en los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias Médicas, Odontológicas y de las Salud (PMDCMOS), de Maestría en Docencia para la Educación Media Superior (MADEMS), de Maestría en Ciencias (Neurobiología) y con el Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía "Manuel Velasco Suárez"